双渓キャンパスは人文社会学院 、外国語学院、理学院の三学院が、ダウンタウンキャンパスには法学院と商学院の二学院があります。東呉大学は23学科と22研究科で構成される総合大学です。

各学院とも教育と研究を基礎にした特色あるコースを設け、発展してきました。バラエティに富んだ科目を設け、学生に多くの選択肢を用意しています。また、専門かつ高度な講義、教養科目や分野の垣根を超えた学習などにより、学生は視野と心を広げ社会に出てからの競争力も身につけることができます。

現在、次のプログラムも設けています：人権、科学技術管理、財務金融、教育、緑色科学・永続発展、鑑識科学、実用英文、創意人文、非營利組織管理等プログラム。